2009年，马骏教授科研团队开展的“基于现代影像技术的鼻咽癌综合治疗临床研究”获得2009年度国家科技进步奖二等奖。

2009年3~9月，按照学校的统一部署，中心开展“深入学习实践科学发展观”活动。活动中，中心党委紧密联系实际，扎扎实实地开展工作，认真查找制约中心发展的瓶颈，破解阻碍科学发展的难题，取得了明显的成效。

2009年4月10日，广东省委组织部宣布中心整体升格为副厅级建制，设置7个副处级管理机构，27个专业科室。

2009年11月，曾木圣教授课题组关于肿瘤细胞侵袭新机制的研究结果于发表在国际权威学术期刊《临床研究杂志》 (Journal of Clin Invest,影响因子16.56)，该论文后又被Nature Asia-Pacific( www.natureasia.com)推荐为亚太地区研究亮点。

2009年，张福君教授发表在《中华放射学杂志》的论文“CT导向下1251粒子植入治疗肺转移瘤”，因在发表当年被高频引用而入选“2008年中国百篇最具影响国内文章”。

2009年9月，生物治疗中心主任郑利民教授入选教育部2008年度长江学者特聘教授，客座教授黄蓬入选长江学者讲座教授。

2009年，中心新成立了血液肿瘤科和儿童肿瘤科，明确了专业方向，实现专病专治，学科建设再上一层楼。2009年7月，管忠震教授在中国肿瘤内科大会上获“中国肿瘤内科杰出贡献奖”

10月获得中国抗癌协会授予的“淋巴瘤突出贡献奖”。2009年9月，中心主任曾益新院士荣获首届“中山大学三育人( 教书育人) 标兵称号。

2009年 9月，PACS系统上线，建立面向重点影像业务科室的核心影像平台，大大降低了医务人员工作强度和医疗成本。

2009年，物流管理系统、固定资产管理系统、成本核算信息系统正式上线运行，实现了全院设备及9000多种物资的网上申领，并首次实现医用耗材医嘱实时核销。

2009年，亚洲最大的放疗中心正式落成并于2009年12月21日起开始收治病人，放疗中心建筑面积8942平方米，共有7台直线加速器、2台CT模拟机、3台核通模拟机。2010年，中组部“千人计划”正式引进黄蓬教授。2010年，陈敏山教授获“全国卫生系统先进个人”称号。