2008年3月28日，中心召开第七届教职工暨十八届工会会员代表大会第四次会议，会议听取了中心工作报告和财务工作报告，并选举并产生了首届教代会常设委员会。2008年4月，医院管理信息系统(HIS)正式上线，实现了通过信息化技术提高患者服务质量、加强医院运营管理、提高人员工作效率的目标。

2008年4月，中心召开了学科建设规划研讨会，22个临床医技研究科室汇报了本科室学科建设的思路。

2008年5月，汶川大地震发生后，中心第一时间组建医疗队，全体员工爱心捐款总额达33万元，党员缴纳特殊党费19万元，捐赠总价值约32万元的救灾物资和急救药品。

2008年5月，万德森、戎铁华、李锦清、崔念基、吴秋良五名教授被评为中心“医德医风先进典型”。

2008年6月，中心主任曾益新院士当选为中国科学院生命科学和医学学部第十四届常务委员会副主任。

2008年7月，曾益新院士被聘为“健康中国2020”战略规划医学模式转换与医疗体系完善研究组首席专家。

2008年11月，曾益新院士当选发展中国家科学院院士，12月被评为“广州十大优秀留学回国人员”。

2008年11月，内科主任姜文奇牵头的科研团队获得“十一五”重大新药创制平台项目资助，是全国获得本项资助仅有的两个项目之一。

2008年11月21日，“华南肿瘤学国家重点实验室”通过科技部组织的专家组验收。

2008年12月，医疗科研综合大楼结算审核工作全面完成。委托外审的31个项目中终审造价共计核减2389.16万元，大大降低工程造价，最终工程总投资共计约为3.89亿元。

2008年，刘强获B类国家杰出青年科学基金。