2012年1月，中心新绩效方案正式实施，实行按岗取酬和按工作量取酬，实现了员工薪酬的普遍提升。2012年2月，中组部“千人计划”正式引进郑晓峰教授:“青年千人计划”正式引进高嵩教授。

2012年3月27日，中心主任曾益新获“广东省科学技术突出贡献奖”。

2012年4月，曾益新院士主编的卫生部“十二五”规划教材以及全国高等医药教材建设研究会规划教材《肿瘤学》第三版由人民卫生出版社出版，为全国各医药高等院校研究生肿瘤学教学实施提供了更加规范优秀的教材。

2012年8月，中组部“短期千人计划”正式引进叶为民教授。

2012年8月8日，广东省机构编制委员会批准我中心设立直属事业单位广东省食管癌研究所。

2012年9月23日，在中国医师协会与《医师报》联合主办的“弘扬大医精神 抵制不正之风”高峰论坛上，我中心内科创始人管忠震教授荣获“大医精神代表”称号。

2012年10月8日，经全面装修改造的预防医学部防癌体检中心正式对外营业，并于12月在国内率先以医院体检学科成功举办继续教育研讨班。

2012年11月21日，内科获颁首批“卫生部癌痛规范化治疗示范病房”。

2012年11月24日，在当日揭晓的《2011年度中国医院最佳专科声誉排行榜》中,中心获评2011年度中国医院最佳肿瘤专科声誉排行榜第二名。

2012年12月3日，由三九健康网、健康时报联合主办的2012年中国健康总评榜揭晓，我中心获选广州十佳三甲医院，廖振尔常务副院长当选全国优秀科普院长。2012年，郑晓峰入选广东省领军人才名单，谢丹教授获杰出青年科学基金资助。2012年，马骏教授主持的“鼻咽癌放化综合治疗及个体化治疗基础的研究”研究成果入选教育部科学技术委员会组织评选的2012年度“中国高等学校十大科技进展”，是该年广东省唯一入选项目。

2012年，符立梧教授团队“克服ABC转运泵介导的肿瘤多药抗药性研究”获2012年度广东省科学技术一等奖。

2012年，中心科研项目再创新高，总资助金额突破1亿元。在SCI收录杂志发表第-作者和通讯作者论文共252篇，总影响因子达892，其中在影响因子10.0以上的期刊发表论文8篇。

2012年，在新华社广东分社、南方报业传媒集团、南方广播影视传媒集团共同主办的“广东十大新闻人物”的评选活动中，曾益新院士荣获2012年度“广东十大新闻人物”称号。

2012年，在卫生部医管司、健康报社组织的以“创新医院文化、构建和谐医患关系、建设平安医院”为主题的改革创新医院评选活动中，中心荣获“2012医院改革创新奖”

2012年，中心普外科、病理科、泌尿外科获广东省临床重点专科，肝胆科获广东省“十二五”医学重点学科。