2003年9月26日，美国M.D.Anderson癌症中心院长John Mendelsohn博士代表M.D.Anderson癌症中心与我中心签定缔结姊妹医院的协议，M.D.Anderson癌症中心副院长Toam Brown被聘为我中心客座教授。

2003年10月，中心首例肝癌原位肝移植术获得成功，至2007年末共完成39例肝癌

原位肝移植术。

2003年，《癌症》杂志被美国国立图书馆Medline收录。

2003年，中心荣获“广东省抗非典嘉奖集体”。

2003年，曾益新、方嫌、邵建永等共同完成的“鼻咽癌分子遗传学研究”荣获中华医学科技奖一等奖，该成果入选“2002年度中国高等学校十大科技进展”。2004年3月27日，“中山大学-卡罗琳斯卡医学院肿瘤学合作实验室”在中心正式挂牌成立。