2005年1月6日，临床试验中心获得“I-期抗肿瘤药物临床研究机构”资格。2005年，黄文林研制的“重组人内皮抑素腺病毒注射液”获国家食品药品监督管理

局批准进入I期临床试验，为中山大学系统首个抗肿瘤国家|类新药。2005年12月，我院戎铁华教授科研团队在国内肿瘤专科医院首次开展肺移植手术并获成功。

2005年12月，中心主任曾益新被评为中国科学院院士。

2005年，曾益新课题组发现位于4p15.1-g12区域的基因LOC344967启动子区功能性变异-32G/A与高发家系中的鼻咽癌病例紧密连锁，该成果获国家自然科学奖二等奖。

2005年，中心引进大型影像检查设备GE DiscoveryTM ST16 PET/CT一台。2006年6月，新药临床试验(GCP)中心获得国家新药临床试验机构的资格认定。2006年7月，与瑞典卡罗琳斯卡医学院共同举办首届“中-瑞医学论坛”，来自瑞典的20位专家和国内的200多位学者出席大会。瑞典王后西尔维娅、时任国家科技部徐冠华部长、中国科学院陈然副院长来中心视察。