1999年，中心进入制度改革高峰期，首次推出新的奖酬金分配方案、中心缺陷管理实施方案、科技奖励制度、人事制度改革等多项规章制度。

1999年，中心内科建立国内第一个淋巴瘤治疗中心，姜文奇担任主任。

1999年，中心获广东省科技厅批准成立广东省鼻咽癌诊治重点实验室。

1999年，中山医科大学肝癌研究中心在我院挂牌成立。

1999年，曾益新教授主编的研究生全国规划教材《肿瘤学》、万德森教授主编的本

科生《临床肿瘤学》教材出版。

1999年，“鼻咽癌92分期和治疗研究”获广东省科技进步一等奖。2000年11月，分别由万德森、李锦清、黄腾波承担的国家“九五”医学科技攻关项目《广州越秀区(社区)常见恶性肿瘤早期发现及早期诊断的研究》、《肝癌手术和介入治

疗对比研究》、《鼻咽癌高发现场综合防治研究》顺利通过专家组验收。2000年，举办第一届中澳纽肿瘤外科学术会议。2000年，中心举办李振权、李国材、区宝祥、潘启超、黄家琛、黄迪、陆献瑜从医、从教五十周年庆祝大会。2001年1月，中心通过国家科技部验收，正式挂牌成为全国首个“国家新药(抗肿瘤药物)临床试验研究基地”。